Reacción a "Reacciones: publicado el primer borrador del pangenoma humano"

Este estudio es sólido y de excelente calidad técnica y de análisis. Los investigadores complementan trabajos anteriores que establecieron el genoma humano de referencia (el llamado GRCh38), que hemos utilizado todos los investigadores de genética humana en los últimos años. 

[Previamente] Un trabajo enorme de secuenciación masiva había producido un genoma humano básico de referencia, utilizado tanto para el diagnóstico genético como para la comparativa con otros genomas de animales. Sin embargo, este genoma de referencia tenía “huecos” sin cubrir, no era suficientemente preciso en detectar variantes estructurales y, al haberse obtenido a partir de muy pocos genomas humanos, no podía ser referencia de la gran diversidad de las poblaciones humanas. 

Este nuevo genoma es más global, ya que contiene información de 47 humanos de poblaciones humanas muy diversas genéticamente, complementando la información de referencia. Además, los avances en secuenciación masiva han permitido contrastar y completar muchas regiones que habían quedado poco cubiertas o incluso eran desconocidas. Se sabía que una gran parte de la diversidad genética humana reside en las variantes estructurales (grandes duplicaciones y deleciones), más que en las variantes puntuales. Este nuevo pangenoma ha descubierto hasta 1.115 nuevas duplicaciones añadiendo cerca de 119 millones de bases al genoma humano (que contiene 3.300 millones de bases), lo que supone una mejora sustancial en cantidad y en calidad. 

Además, hay que tener en cuenta que los autores han intentado obtener y mapear lecturas de secuencia más largas de lo habitual (gracias a técnicas novedosas de secuenciación masiva de longut larga), lo que permite identificar mejor las regiones del genoma secuenciadas. 

¿Hay limitaciones importantes que haya que tener en cuenta?  

Solo han podido secuenciar el genoma completo de 47 personas de muy distintos orígenes (el 51 %, africanos (que son los más diversos genéticamente), 34 % de genomas americanos, 13 %, asiáticos y solo un 2% de europeos –los menos porque son los más representados en datos genómicos–). Aunque es un gran avance, no pueden representar toda la variabilidad genética humana. Los investigadores proponen secuenciar 350 genomas más, para incrementar representatividad y diversidad genética. Por otra parte, existe todavía un error relativamente alto en la secuenciación. Aunque este error es de una base cada 200.000 bases, como se secuencian miles de millones de bases por individuo, existe todavía un error asociado que hay que tener en cuenta y mejorar en el futuro. 

Este nuevo pangenoma va a devenir en el nuevo genoma humano de referencia que los investigadores utilizaremos en nuestra actividad diaria. Mejorará sustancialmente el diagnóstico genético, tanto el de las enfermedades raras como, especialmente, de las enfermedades complejas, en que las variantes estructurales han sido un caballo de batalla, ya que no eran fácilmente detectables con el genoma de referencia actual y las técnicas usadas hasta el momento. Se desarrollarán nuevos algoritmos que permitirán una mayor precisión en el diagnóstico. 

No se trata de un salto conceptual, sino de un avance sustancial en precisión. Cuanto mayor conocimiento tengamos sobre nuestro genoma, mayor precisión en las inferencias genéticas derivadas del análisis de nuestro genoma, particularmente, en referencia a la medicina de precisión, también llamada medicina personalizada.