Un 58,5 % de la microbiota del bebé procede de varias partes del cuerpo de su madre, según un estudio de la transmisión de microbios entre ambos en el primer mes de vida. La investigación, publicada en Cell Host & Microbe, se basa en muestras recogidas en 120 parejas de madres y bebés, con material de nariz/garganta, saliva, piel, leche, vagina y heces de ellas. Compara los bebés nacidos por cesárea y por vía vaginal, y confirma que la transferencia reducida de microbios fecales en los partos por cesárea se puede compensar parcialmente por otras vías de transmisión, como la lactancia materna. 

Un equipo internacional con participación española ha analizado el nivel de intercambio de cepas microbianas entre diferentes generaciones (transmisión vertical) y entre personas que comparten un hogar o son contactos estrechos (transmisión horizontal). El análisis, publicado en la revista Nature, se basa en unas 9.700 muestras de microbiomas que provienen de las heces y de la saliva de personas de países con estilos de vida diferentes. Según la investigación, entre quienes conviven es más frecuente la transmisión de bacterias del microbioma de la boca que del intestinal. 

La instauración de la microbiota del bebé se da alrededor del parto, al recibir directamente bacterias procedentes de la madre. Un estudio en la revista Cell sugiere que también pueden transmitirse genes entre ellas por transferencia horizontal, sin necesidad de que haya un paso de estos microorganismos.