El artículo de referencia publicado en Cell por Carlino y colaboradores representa un gran esfuerzo colaborativo entre diversos centros de investigación europeos de distintos países, cuyo trabajo ha sido financiado por el proyecto MASTER del programa European Union’s Horizon 2020 y que, de alguna manera, continúa en el nuevo proyecto DOMINO financiado por el programa European Union’s Horizon Europe que se está desarrollando en la actualidad. 

Este trabajo representa, con diferencia, el mayor esfuerzo científico para la caracterización microbiológica de alimentos fermentados (productos lácteos, cárnicos, de la pesca, cereales, etc.) y sus respectivas materias primas crudas, utilizando las técnicas de secuenciación masiva de última generación y las más avanzadas herramientas informáticas. Los microbiomas de estos productos presentan una enorme diversidad microbiana, tanto de organismos procariotas (bacterias) como eucariotas (hongos y levaduras), mucha de la cual ha resultado que no posee representantes cultivados.  

En consecuencia, como los propios autores proponen, una de las primeras acciones de investigación futuras estará dirigida a realizar cultivos selectivos para recuperar estos nuevos taxones y caracterizarlos en profundidad, lo que incluirá ensayos que permitan estimar una utilización práctica y segura. Solo así, estos nuevos microorganismos pudieran llegar a utilizarse como fermentos o cultivos adjuntos en la fermentación de los alimentos de los que se aíslan o para emprender otras nuevas. 

La contribución del microbioma de los alimentos al microbioma gastrointestinal humano de las personas adultas, lo que pudiera tener implicaciones en el mantenimiento de la homeostasis microbiana intestinal relacionada con la salud, parece modesta. Únicamente un 3 % de los taxones de especies de los alimentos se encuentran también como componentes del microbioma intestinal adulto. Con todo, hay claros indicios de que los alimentos son la causa de la presencia en el intestino humano de la levadura, abundante por lo demás en muchos alimentos, Saccharomyces cerevisiae. 

Sería deseable continuar esta caracterización microbiológica con la inclusión de más muestras y alimentos más diversos, lo que posibilitará, en el futuro, la identificación de marcadores alimentarios microbianos únicos, así como la utilización de estas técnicas con suficiente fiabilidad para asegurar la trazabilidad y autenticidad de los alimentos como los autores proponen.

Este estudio supone el mayor esfuerzo realizado hasta la fecha para caracterizar alimentos microbiológicamente, en especial, alimentos fermentados. Sin duda, la base de datos construida (curatedFoodMetagenomicData, cFMD) supone un verdadero atlas para cualquier microbiólogo y, por tanto, un punto de partida para futuras investigaciones en el campo de la biotecnología de los alimentos. 

A su vez, evidencia la dimensión de la llamada microbial dark matter que, a día de hoy, sigue existiendo en el mundo de la microbiología en general y en particular de la microbiología de los alimentos, con consecuencias directas sobre aspectos tan importantes e inmediatos como la seguridad alimentaria. 

Además, el vínculo entre la microbiología alimentaria y la microbiota humana que establecen los autores no solo confirma el dicho popular de que “somos lo que comemos” sino que también reafirma las bases sobre las que asentar alimentos probióticos de calidad que contengan microorganismos con capacidad probada de colonizar el tracto digestivo y tener un efecto positivo sobre la salud intestinal. 

Para terminar, me gustaría resaltar, como acertadamente hacen los autores, la importancia de las levaduras como parte esencial de la microbiota humana. Levaduras que están omnipresentes en nuestra dieta (cerveza, queso, vino…) pero que son muchas veces ignoradas en estudios sobre salud intestinal y microbiota.