Analizar el microbioma de la boca podría servir para diagnosticar tumores de colon y estómago, según un estudio

El trabajo es globalmente de buena calidad. También el tema es clínicamente relevante, ya que poder diagnosticar un cáncer desde un análisis de muestra de saliva utilizando marcadores microbianos sería un gran avance.  

El concepto no es del todo novedoso (en páncreas, sobre todo, hay publicaciones donde se encuentran firmas microbianas asociadas a cáncer). Quizás la parte más novedosa de esta publicación es el índice MF [del inglés mouth to feces, de boca a heces] derivado del análisis intrapaciente de muestras de saliva y heces. Ese índice se basa en la presencia de secuencias bacterianas comunes entre los dos tipos de muestras (lo que indica una posible transmisibilidad) más que sobre la abundancia relativa en general (lo que hacen la mayoría de los estudios). Los resultados sobre su utilidad diagnóstica en cáncer colorrectal son prometedores (la sensibilidad es superior a la de la prueba de sangre oculta en heces) pero requieren una validación independiente, ya que la cohorte donde se examina la prueba de sangre oculta en heces es muy pequeña. Los resultados en cáncer de estómago son menos robustos cuando se validan en cohortes independientes.   

Sin embargo, hay muchas limitaciones. La primera y más importante es que la metodología de análisis (16S gene sequencing) no permite llegar a clasificar con precisión las bacterias a nivel de especie y cepa. Es decir que, aunque los autores identifican las mismas secuencias bacterianas en las dos muestras (saliva y heces del mismo paciente) —y con eso generan el índice MF—, eso no necesariamente indica que la misma cepa bacteriana haya "viajado" desde la boca a intestino. Para saberlo se necesitaría más profundidad de secuenciación. Segundo, los resultados no permiten establecer causalidad (¿Estas bacterias que viajan desde la boca al intestino hacen algo una vez que están allí? ¿Ayudan al tumor a crecer?), y por tanto no permiten valorar posibles intervenciones terapéuticas que reduzcan el flujo boca-a-intestino de estas bacterias o promuevan el de otras más beneficiosas. Y, claramente, se necesita un estudio clínico prospectivo para validar el índice MF como test diagnóstico

Como todos los estudios de modelos predictivos de firmas microbiómicas es muy difícil entender si la metodología de validación es segura, o sea, libre de ruido y sesgo. Esta clase de análisis acostumbran a sufrir de "trampas" metodológicas sutiles. Para las validaciones externas, en lugar de aplicar un modelo predictivo cerrado o congelado (locked) con puntos de corte preespecificados para cada variable y una puntuación predefinida técnicamente, los autores traducen el modelo de distintas maneras (complejas y difícilmente reproducibles ni comprensibles para los no bioinformáticos) para adaptarlo a las series externas de validación. 

En resumen, no tiene ningún impacto en la práctica clínica y tiene pocas probabilidades de validarse en el futuro.

Es un trabajo metodológicamente sólido e importante, especialmente por el alto número de muestras orales y fecales pareadas y porque las muestras de pacientes con cáncer se tomaron antes de cualquier tratamiento lo que evita posibles impactos de la terapia. La presencia de bacterias orales en intestino ya se había reportado como factor asociado a cáncer de tracto intestinal, y el desarrollo del índice de transmisión boca–intestino es interesante en este sentido. Los resultados predictivos son particularmente prometedores para cáncer colorrectal y apoyan la idea de que el solapamiento entre microbiota oral e intestinal puede aportar información diagnóstica adicional.   

Las conclusiones clínicas deben tomarse con cautela. El estudio utiliza secuenciación 16S, por lo que detectar señales idénticas en boca y heces no demuestra necesariamente una transmisión directa a nivel de cepa. El diseño es transversal y faltan algunos controles técnicos importantes. Las muestras de cáncer colorrectal incluyen muchos casos de cáncer avanzado, con lo que la enfermedad podría tener ya un impacto importante y no refleja el objetivo de los cribados poblacionales, donde se pretende detectar estadios más tempranos e incluso anteriores al desarrollo del tumor (lesiones de riesgo).  

Existen algoritmos predictivos a partir de material fecal, incluidos unos desarrollados en el IRB-BSC por nosotros, que arrojan resultados comparables para cáncer colorrectal, cuestionando la necesidad de muestras orales adicionales. Aunque se valida en cohortes independientes, la cohorte usada para cada enfermedad es limitada. Por ello, veo este estudio como una prueba de concepto muy interesante y con potencial diagnóstico, pero todavía sería necesaria una validación prospectiva, con mayor resolución metagenómica y en poblaciones reales de cribado, antes de plantear su aplicación clínica.